Todo comienza el día que la tímida y guapa Felicity Porter (Keri Russell) pide al atractivo Ben Covington (Scott Speedman) que le firme el libro de graduación del instituto. Aunque apenas han hablado todos estos años, ella ha estado secretamente enamorada de él, y la dedicatoria de él en su libro cambiará el futuro de Felicity para siempre... principalmente porque decide cambiar de planes, en contra de sus padres, e ir a la Universidad de Nueva York -curiosamente la misma donde estudiará Ben-. Allí, en la residencia del campus, nada más llegar, Felicity conocerá a Noel (Scott Foley), otro guapo chico que le complicará aún más su vida amorosa futura.

Era de la humanidad, diez años después de la guerra entre la tierra y los minbari. El proyecto Babylon era un sueño al que se le había dado forma. su objetivo: evitar otra guerra creando un lugar donde humanos y alienígenas pudieran solucionar sus diferencias pacíficamente. Es un punto de encuentro, un hogar lejos de casa para diplomáticos, estafadores, empresarios y vagabundos: humanos y alienígenas envueltos en dos millones y medio de toneladas de metal, solos en la oscuridad. Puede ser un lugar peligroso, pero es nuestra última esperanza de paz. Esta es la historia de la última de las estaciones Babylon. El año es 2258. El nombre del lugar es Babylon 5.

La serie trata sobre una unidad ficticia del FBI, compuesta por tres hombres y tres mujeres, que se encargan de solucionar las desapariciones de personas en Nueva York, tratando de aclarar si han sido secuestradas, se han suicidado o simplemente han huido. Normalmente cada capítulo trata de la investigación de la desaparición de una persona.