Takamiya Honoka es un estudiante regular cuyo único problema parece ser que se sienta junto a Kagari Ayaka, # 1 de la belleza de la escuela. Ellos nunca han hablado el uno al otro antes y cualquier pequeña interacción entre los mismos resultados de forma inmediata en su club de fans de golpearlo. Sin embargo, cuando una parte que cae del edificio de la escuela está a punto de mandarlo a la otra vida, es Kagari que viene a su rescate. Sólo ... está vestida como una bruja, lo que lleva en sus brazos y flotando en una escoba ?! Kagari le dice que es su misión de proteger a él y que ahora por fin lo puede proteger abiertamente en lugar de encubierto.

Nichijou se centra principalmente en las travesuras diarias de un trío de chicas amigos de la infancia de la preparatoria Mio Naganohara, Yuko Aioi y Mai Minakami-cuyas historias se entrelazan en breve con el joven genio Hakase Shinonome, su robot cuidador Nano y su gato que habla Sakamoto. Con cada día que pasa, la vida de estos seis, así como de las muchas personas que les rodean, experimentan tanto las calmas de la vida normal y la demencia de lo absurdo. Caminando a la escuela, ser mordido por un cuervo hablando, pasar tiempo con amigos, y ver al director suplex un ciervo: todos ellos están en un día de trabajo en las extraordinarias vidas diarias de los de Nichijou.