En el siglo 26, la humanidad tiene que lidiar con una amenaza alienígena conocida como the Covenant (El Pacto). Halo tejerá historias personales repletas de acción, aventura y una enriquecedora visión del futuro. La serie es una historia independiente inspirada en la franquicia del videojuego, en lugar de una continuación, adaptación o precuela.

Treadstone era un programa de alto secreto de operaciones encubiertas que utilizaba diferentes formas de modificación del comportamiento humano y un entrenamiento extremo para convertir a los reclutas en armas casi sobrehumanas. Treadstone se creó como respuesta a una Ley del Congreso que prohibió los asesinatos, y se cerró oficialmente después de que Jason Bourne lo pusiera al descubierto. La serie comienza cuando la CIA se entera de que alguien está "despertando" a estos agentes en diferentes partes del mundo que formaban parte de un programa de Treadstone llamado "Cicada".