Ulrich, Jeremy, Aelita, Odd Yumi siguen su rutina diaria de como alumnos de Kadic. Pero XANA, la Inteligencia Artificial que fueron capaces de destruir en sus anteriores aventuras, reaparece. ¿Cómo ha sobrevivido esta monstruosidad? Nuestros héroes reactivar el superordenador para volver a Lyoko, descubrir las razones de este resurgimiento y luchar de nuevo el mal que amenaza al mundo virtual.

Enfrentando una serie de complejos casos de asesinato, la nueva comandante de policía Hélène Bach debe aprender a trabajar con el brillante pero exasperante Raphaël, que puede hacer que los muertos hablen como nadie más.

En esta reversión de la historia, una enigmática enfermedad asola la Francia del siglo XVIII y origina una confrontación brutal entre los rebeldes y la aristocracia.