En las montañas de Ararat, Turquía, donde según la Biblia cayó el arca de Noé, un grupo de investigadores deja de dar señales de vida. Se trata de una patrulla de Arcam, una organización ocupada de buscar los enigmas de antiguas civilizaciones extinguidas, y cuyos miembros se hacen llamar ´Spriggan´. Paralelamente, una poderosa fuerza magnética surge de la montaña provocando la desaprición de tres satélites militares estadounidenses. En Japón, seis meses más tarde, el Spriggan Yu Ominae recibe un anónimo mensaje - bomba con el texto: "Noé será tu tumba". Rápidamente se dirige a la Delegación Japonesa de Arcam, donde junto a un nuevo mensaje "Tu hora se aproxima" encuentra una foto de los cuerpos de los investigadores de Ararat con muestras de haber sido víctimas de un ataque.

Un espectáculo épico que cuenta la historia de amistad entre un chico y una chica en la gran metrópoli Edo, durante el período Tokugawa. Época en la que los incendios eran frecuentes, difíciles de controlar y de parar su propagación.

Basado en la novela del mismo nombre de Takafumi Takada, la historia está ambientada en el período Heian, Kioto, durante una época de intensos combates entre humanos y "Oni" (demonios). De alguna manera, un niño de 15 años que vive en la epoca actual viaja en el tiempo, 1.200 años atras y se encuentra inmerso en medio de esta batalla antigua.