En el año 2018, debido a los problemas derivados de la superpoblación, la Humanidad ha visto obligada a colonizar los mares y ha creado la Organización de Océanos de la Tierra Unida (UEO), una entidad militar encargada de mantener el orden. La UEO convence a Nathan Bridger, un oficial retirado desde la muerte de su esposa y dedicado al estudio de los delfines, para volver al servicio activo y le asigna el mando del Seaquest DSV, un poderoso submarino con el que deberá patrullar el fondo del mar y velar por la paz en el sistema. La tripulación de este DSV (Deep Submergence Vehicle, es decir, vehículo de inmersión profunda) está integrada por personal militar y científico y entre sus miembros encontramos a un adolescente prodigio graduado magna cum laude en Inteligencia Artificial por la universidad de Stanford y hasta a un delfín parlante... gracias a la tecnología. 

La serie narra las aventuras de Brisco County Jr., hijo del famoso sherrif. El padre de Brisco fue asesinado por John Bly durante su fuga, un villano jefe de una banda de criminales, y su conexion con un conjunto de misteriosas Esferas. Brisco, cazarrecompensas y abogado, jura volver a poner a Bly entre rejas. En su momento se descubre que Bly era un criminal del futuro que habia viajado en el tiempo para hacerse con las Esferas. Bly sera derrotado definitivamente, y Brisco empezara a trabajar como agente para el gobierno de los E.E.U.U.. Brisco obtendra ayuda en sus andanzas de un nutrido grupo de personajes, incluyendo a la descarada e inteligente bailarina Dixie Cousins, el cazarrecompensas rival y finalmente amigo y compañero Lord Bowler, el abogado Socrates Poole, el excentrico Profesor Wickwire, y muchos otros.