Okabe Rintarou es un joven que se define a sí mismo como científico loco. Juntos con sus amigos Mayuri y Daru, forma parte el “Laboratorio de Dispositivos del Futuro” una especie de laboratorio clandestino en un pequeño apartamento. Okabe y Mayuri acuden a una conferencia sobre viajes temporales cuando se topan con lo que parece ser un asesinato. Okabe huye espantado mientras avisa a Daru del crimen cuando, de repente, Okabe cambia el pasado evitando el asesinato. ¿Cómo lo ha hecho? ¿Qué consecuencias tendrá este cambio?

(OVA 1) Kiiko Kawakami es una estudiante de preparatoria que, secretamente, posee poderes telequinéticos. La única persona que sabe de sus poderes es su amiga Aya Saitou, que está enamorada de ella. Un día, después de que Aya le ayudase en un entrenamiento para usar sus poderes, Kiiko trata de besar a Aya mientras duerme, pero se sorprende cuando ella toma la iniciativa y la besa por sorpresa. Las dos deciden tener un encuentro arriesgado dentro de la escuela vacía y pasar varios recuerdos de verano juntas. Sin embargo, un día después de una noche de pasión en casa de Aya, Kiiko deja su teléfono celular en casa de esta última, y cuando ella vuelve para recuperarlo, encuentra a Aya teniendo relaciones sexuales con su hermano mayor, Kouta.

Yui es una chica que acaba de comenzar el instituto y cuya ilusión es unirse a algún club, aunque no sabe a cuál. Mio y Ritsu son dos amigas de la infancia que llegan juntas al instituto y deciden unirse al Club de Música Pop, o al menos es lo que Ritsu quiere y con ello arrastra a Mio en contra de su voluntad. El club ha perdido a todos sus miembros y solamente quedan ellas dos como nuevas, si no consiguen a dos miembros más en menos de 10 días les cerrarán el club. La fortuna hace que una chica que buscaba otro club acabe uniéndose a ellas y la cuarta en unirse al club será Yui. La cosa es que Yui no tiene ni idea de tocar instrumentos, al contrario que sus 3 compañeras, así que comenzará desde 0 y con mucha ilusión a tocar la guitarra para que juntas puedan tocar como Dios manda.