Shio Ogura es una estudiante de secundaria japonesa que visita Taiwán en un viaje escolar cuando de repente es atacada por monstruos. También llegan agentes conocidos como "E-Gene Holders" de la agencia gubernamental DOGOO, que empuñan armas infundidas con los espíritus de personajes históricos. Resulta que Shio también es un E-Gene Holder cuando el alma de Oda Nobunaga despierta mientras intentar rescatar a una amiga en el ataque.

Fudou Nomura es un estudiante que fue exiliado de su vieja escuela por una pelea violenta. Fudou desea vivir una vida libre, pero a la nueva escuela a la cual fue transferido es la Academia Privada de Simbiosis Aichi, un lugar donde las chicas disciplinan a los chicos con armas para corregirlos. Un grupo de cinco vigilantes llamado "Cinco Espadas Supremas" lideradas por Rin Onigawara, apunta con su espada a Nomura para conceder a las reglas o salir de la escuela. En este punto, Nomura desafía a las Cinco Espadas Supremas por su propio derecho y probar su verdadera moralidad a pesar de la fuerza bruta.