La historia tiene lugar en una ciudad de la que se dice que tiene miles de niveles. En un área abandonada, miles de niveles se superponen entre sí. No podrías distinguir el suelo del cielo, ni siquiera qué es arriba y qué abajo. Quizá el propósito original de esta historia es revelar los misterios ocultos en esta ciudad. Kily, el misterioso protagonista, vaga en busca de los "Genes de red terminales" que no han sido infectados. El deber de Kily y su búsqueda es una complicada meta, y es básicamente el misterio de esta historia. Los seis episodios contienen la historia de Cibo, que no fue hecha en el original. Un disco tirado en las ruinas. Cibo comienza a descargar. ¿De quién será la memoria con la que él acabará? ONA (película de animación para Internet) que posteriomente fue editada en DVD con un episodio extra, sumando un total de 65 minutos de duración.

Algún tiempo después de que una misión espacial a Marte termina en destrucción, extraños monstruos llamados 'Antiguos' comienzan a aparecer alrededor de Tokio. Un grupo de especialistas formado por tres chicas y un joven con problemas deben luchar contra los Antiguos hasta que puedan comprender exactamente contra qué están luchando. Cuando uno de los Antiguos les dice que ellos son los verdaderos invasores de la Tierra, deben buscar dentro de sí mismos para captar lo que realmente es la realidad.