Yu-Gi-Oh! 5D's se desarrolla en la Ciudad de Nueva Domino algún tiempo después de los hechos relativos a Yugi Muto y Jaden Yuki (posiblemente en el año 2021). Una nueva forma de duelo, "Turbo Duelo", (Duelo Montado) tiene lugar en motocicletas llamado "Corredores de Duelo" y utilizando la carta mágica de campo Mundo de Velocidad. Mientras que el duelo normal todavía existe, los Turbo Duelo se han convertido en una forma popular de entretenimiento para los espectadores que verlos en los estadios diseñados especialmente para esto parecidos a los estadios que La Corporación Kaiba posee.

Japón tiene la mayor tasa de incidencias por ataques de Kaijus de todo el mundo. Los Kaijus irrumpen continuamente y sin piedad en las vidas cotidianas de la gente. Kafka Hibino, que siempre quiso ser un miembro de las Fuerzas de Defensa, actualmente trabaja como limpiador de cadáveres de Kaijus. Sin embargo, un día, una misteriosa criatura convierte a Kafka en un Kaiju, y las Fuerzas de Defensa de Japón, encargados de derrotar a estos monstruos, le identificaron con el nombre clave de “Kaiju N.8”.

Japón tiene la mayor tasa de incidencias por ataques de Kaijus de todo el mundo. Los Kaijus irrumpen continuamente y sin piedad en las vidas cotidianas de la gente. Kafka Hibino, que siempre quiso ser un miembro de las Fuerzas de Defensa, actualmente trabaja como limpiador de cadáveres de Kaijus. Sin embargo, un día, una misteriosa criatura convierte a Kafka en un Kaiju, y las Fuerzas de Defensa de Japón, encargados de derrotar a estos monstruos, le identificaron con el nombre clave de “Kaiju N.8”.

Una historia de amor y humanidad protagonizada por cuatro chicos y chicas que intentan vivir lo mejor posible, superando los malos momentos y los problemas, en un pequeño pueblo justo a las afueras de Shinjuku. Un pequeño malentendido deriva en todo un problema y los sentimientos comienzan a salirse de control. Una historia de un día a día en el que el 49% del tiempo se mira al pasado, y un 51% del tiempo se mira al futuro.