Una jovencita llamada Yuki Kashima, nació en la cárcel en una fría noche como instrumento de una venganza, ya que su padre, fue brutalmente asesinado al ser confundido con un asesino del gobierno Meiji, suerte que también compartió su pequeño hermano. Su madre logró vengarse de uno de los asesinos, pero por ese asesinato fue condenada a cadena perpetua y para continuar su venganza, se dedicó a acostarse con todos los presos y carceleros que pudo, hasta conseguir quedar embarazada para que su hijo (que resultó ser hija) terminase la venganza por ella. Saya murió al dar a luz a la pequeña Yuki, que fue educada y brutalmente entrenada por el monje Dokai.

Una profecía ancestral de Okinawa predice que un monstruo aparecerá a destruir el mundo pero será detenido por dos criaturas colosales. El hallazgo de una estatua en las cavernas de Okinawa indican que se trata de la llave para llamar a King Caesar, el guardián de la zona, y el único que puede detener la oleada de destrucción provocada por el recientemente aparecido Godzilla. Las señales de la profecía parecen cumplirse, pero un grupo de científicos comienza a descubrir pistas que indican que nada es lo que parece. Y ello se confirma cuando el verdadero Godzilla aparece en escena, desintegrando el camuflaje de la criatura que destruye las ciudades, y revelando ser un sosías robótico. Es MechaGodzilla, un ser cibernético construido por la raza alienígena del tercer planeta del Agujero Negro, que ha llegado a la Tierra con pretensiones de invadirla.

Año 2009, Seúl es la tercera ciudad más importante de Japón. Masayuki Sakamoto se ha convertido en policía, como su padre. Ha olvidado su herencia como coreano, comparte una estrecha amistad con su compañero Saigo y ha jurado lealtad al imperio japonés. Mientras, una minoría de coreanos ha creado una organización de resistencia clandestina llamada 'Hurei-Sen-Jin' (Confederación de Liberación de Corea) para luchar contra Japón. Las autoridades sospechan que hay una enorme conspiración detrás de las actividades de la organización y asignan el caso a Sakamoto y a Saigo. De este modo, Sakamoto se encuentra con Oh Hae-rin, una mujer coreana a la que ha visto en sus sueños. Totalmente confundido por la serie de eventos con los que se va encontrando, Sakamoto se enfrentará a una increíble verdad histórica de la que nunca tuvo conocimiento.

Tras la destrucción de un submarino empiezan a cobrar importancia las teorías del profesor mafune, un cientifico que hace 15 años dijo que todavia existía un dinosaurio vivo en el área donde se destruyo el laberinto, asi pues se intentara localizar a mafune el cual lleva años desaparecido ya que esta planeando vengarse de la tierra aliándose con unos alienigenas que pretenden conquistar el planeta.

Dos jóvenes son reclutados en las fuerzas aéreas Japonesas justo antes del estallido de la Segunda Guerra Mundial. La película está contada desde el punto de vista de uno de los jóvenes que no estaba cualificado para el entrenamiento de piloto pero se une al equipo de tierra. Esta es la historia de un famoso avión desde los primeros vuelos de prueba de prototipo hasta la guerra...