Beck: MCS es la historia de Koyuki, un chico normal de 14 años que no parece tener grandes aspiraciones y que se siente deconectado del mundo en general. Tras salvar a un perro raro de unos niños que lo molestaban conoce a Ryuusuke Minami (el dueño), un hábil guitarrista. Tras una serie de eventos Koyuki se ve envuelto en la nueva banda de Ryuusuke: Beck y su vida monótona y gris empieza a cambiar mientras intentan escalar a la fama…

La protagonista es Yume Kikuchi, una adolescente de segundo año de bachillerato e hija de una reconocida maga. Ella se traslada en las vacaciones de verano desde su pueblo natal a Tokio para aprender con el maestro Masami Oyamada. Durante su estancia intentará desarrollar y controlar sus poderes, a la vez que debe conocer y adaptarse a las exigencias, reglas y prohibiciones para los magos. La acción transcurre en un Japón contemporáneo y muy similar al verdadero, pero donde los magos existen y son controlados por una agencia del gobierno. Los magos acreditados pueden ser contratados por las personas que requieran de sus servicios. Naturalmente algunas personas los aceptan y otras los rechazan.