Kogoro Mouri recibe una llamada telefónica y un coche estalla delante de sus ojos. Ahora él, junto a su hija Ran y Conan, deberá descifrar un mensaje en clave dejado por el culpable antes de que una siguiente bomba estalle. Las amenazas y juegos del autor de la bomba seguirán hasta que Conan le descubra.

La historia se desarrolla en una ciudad rodeada por un muro de 4 kilómetros de alto. Como el pueblo está repleto de chimeneas, el cielo siempre está cubierto de humo y nadie sabe cómo es realmente. Una noche, cuando se celebra el festival de Halloween de la ciudad, un repartidor tira sin querer el corazón que debía entegar. Como no encuentra el corazón con tanto humo, decide rendirse. El corazón mientras tanto sigue latiendo allí donde cayó en esta ciudad repleta de chimeneas.