Un accidente durante las pruebas de un escudo magnético artificial antiplasma en el campo de prácticas de la Fuerza de Autodefensa Terrestre de Japón en el este de Fuji envía a la 3.ª Compañía Experimental Especial, bajo el mando del Coronel Matoba, en un viaje temporal de 460 años hacia el pasado, a la "Era de la Guerra civil". '. Al mismo tiempo, una anomalía de número imaginario que se cree que es causada por una interferencia del pasado comienza a erosionar el presente.

Dos sacerdotes jesuitas, Sebastião Rodrigues y Francisco Garupe, viajan al Japón del siglo XVII que, bajo el shogunato Tokugawa, prohibió el catolicismo y casi todos los contactos extranjeros. Allí son testigos de la persecución de los cristianos japoneses a manos de su propio gobierno, que desea purgar Japón de toda influencia occidental. Eventualmente los sacerdotes se separan y Rodrigues viaja por el campo, preguntándose por qué Dios permanece en silencio mientras sus hijos sufren.