Hiro era un estudiante promedio de preparatoria, su vida no tenia nada en particular, hasta que conoció a Nanase, la presidenta de la "Asociación de Estudios Culturales Intelectuales", club que se dedica a la investigación de una forma un tanto sexual...

Gracias a que la alborotada estudiante de honor, Ayane-senpai, se ha vuelto nuestra presidenta, la escuela nos dio y permitió continuar con el comité de moral pública, a donde pertenezco sin importar que no tuviera suficientes miembros... aunque me pregunto, tendrá mucha moralidad...

Okabe Rintarou es un joven que se define a sí mismo como científico loco. Juntos con sus amigos Mayuri y Daru, forma parte el “Laboratorio de Dispositivos del Futuro” una especie de laboratorio clandestino en un pequeño apartamento. Okabe y Mayuri acuden a una conferencia sobre viajes temporales cuando se topan con lo que parece ser un asesinato. Okabe huye espantado mientras avisa a Daru del crimen cuando, de repente, Okabe cambia el pasado evitando el asesinato. ¿Cómo lo ha hecho? ¿Qué consecuencias tendrá este cambio?