Una misteriosa isla ha sido colonizada por una extraña organización terrorista de tintes comunistas llamada Red Bamboo, que ha esclavizado a la población indígena y que se dedica a la fabricación de bombas atómicas. En esta isla vive la langosta gigante Ebirah, que se encarga de devorar a todos aquellos que intentan escapar del lugar, hasta que un rayo despierta a Godzilla, dormido casualmente en el interior de una gruta de la isla.

Segunda Guerra Mundial (1939-1945) Un C-47 se ve obligado a realizar un aterrizaje forzoso en un atolón del Pacífico que está ocupado por tropas japonesas.

Dos astronautas, uno norteamericano y otro japonés, viajan hasta el Planeta X, un nuevo astro que ha surgido más allá de Júpiter. Allí descubren una civilización extraterrestre, los X-iens, que vive en un complejo mundo subterráneo protegiéndose de las desastrosas condiciones de la superficie, dominada por una destructiva criatura monstruosa que han bautizado como Monster Zero.

Tres monstruos (Mothra, Godzilla y Rodan) se alían para salvar al Japón (y al mundo entero, occidental y no occidental) de la destrucción a la que se ve amenazado por el terrible monstruo de tres cabezas Ghidorah.

En 1999, la UNSC (United Nations Scientific Council) ha reunido a todos los grandes monstruos en una zona de la isla de Ogasawara denominada Monsterland, con el objetivo de estudiarlos a fondo, controlándolos mediante un complejo campo electromagnético. Entre los monstruos kaijus se encuentran nada menos que: Godzilla, Mothra, Ghidorah, Rodan, Baragon, Varan, Kumonga, Manda, Minilla, Gorosaurus y Anguirus. Sin embargo los Kilaaks, una raza extraterrestre, pretende esclavizar la Tierra y boicotea los sistemas de comunicación de la isla y controla mentalmente a los monstruos, que se lanzan a una frenética carrera de destrucción por todo el mundo.

El comandante Nelson, del submarino Explorer, estudia el mito de King Kong, que le fascina, y aprovechando unas reparaciones se acerca a la isla de Mondo, donde según sus investigaciones debe habitar Kong. Mientras, en el Polo Norte, el pérfido Doctor Who tiene una base secreta, en la cual ha construido un émulo robótico de Kong, Mechanikong.

Tras la destrucción de un submarino empiezan a cobrar importancia las teorías del profesor mafune, un cientifico que hace 15 años dijo que todavia existía un dinosaurio vivo en el área donde se destruyo el laberinto, asi pues se intentara localizar a mafune el cual lleva años desaparecido ya que esta planeando vengarse de la tierra aliándose con unos alienigenas que pretenden conquistar el planeta.

Sukezaemon, un pirata, naufraga en un rincón extraño del mundo. Con su compañero, un mago llamado Sennin, Sukezaemon se enreda en una conspiración del malvado primer ministro para la sucesión a la muerte del rey Raksha.

Mientras Japón cierra un pacto político con la Alemania nazi y la Italia fascista, el almirante Isoroku Yamamoto es nombrado comandante supremo de la flota japonesa. Con Japón abocado inexorablemente a la guerra, Yamamoto, a pesar de sus dudas, cree que la única posibilidad de victoria reside en destruir la flota americana por sorpresa en Pearl Harbor. El ataque es un éxito, pero no consiguen destruir la flota de portaviones americanos. Por eso Yamamoto se ve obligado a llevar a la flota japonesa al combate, con muy pocas esperanzas de victoria...

Después de la detonación de las bombas atómicas de Hiroshima y Nagasaki, el ejército japonés y el gobierno se enfrentan por la demanda de los aliados de la rendición incondicional. El Ministro de Defensa Anami defiende el continuar luchando, hasta la muerte del último japonés si hace falta. El Emperador Hirohito se reune con sus ministros para solicitar la impensable rendición pacífica del Japón. Cuando el ejército planea un golpe para derrocar al gobierno civil del Emperador, Anani debe decidir entre sus deseos o su lealtad al Emperador.