La historia tiene por protagonista a Ririchou Shirakiin, hija de la casa Shirakiin y que se siente acomplejada por no poder vivir por su propia cuenta y sin protección, con lo que decide irse a vivir sola bajo la condición de vivir en la mansión “Ayakashi Kan“. En la mansión sólo pueden residir aquellos que han pasado por un duro examen, y cada uno de sus residentes está acompañado por un agente del Servicio Secreto. Aunque Riricho ha rechazado la idea de tener un agente detrás, descubrirá estando en la mansión que en realidad el agente que la protege es el espíritu de un zorro al que ella había salvado anteriormente.

La trama se desarrolla en torno a la historia del linaje Joestar, una poderosa familia de origen británico destinada a combatir fuerzas sobrenaturales malvadas usando poderes adquiridos; la obra abarca varias generaciones de dicho linaje, las cuales son adaptadas en cada parte poniendo un descendiente como protagonista, empezando con Jonathan en el año 1880. El nombre «JoJo», presente en el título de la obra, consiste en un juego de palabras compuesto por el nombre de los protagonistas de cada parte, los cuales pueden abreviarse como «Jojo» y usarse a forma de apodo; sin embargo, en las últimas partes de la obra se hacen juegos de palabras más complejos: por ejemplo, Josuke es un juego de palabras en japonés en que la sílaba «suke» (助) se puede leer también como «jo», y el diminutivo de Giorno Giovana (Gio. Gio.) tiene una pronunciación bastante similar a «Jojo». Todos los Joestar se identifican porque tienen una marca de nacimiento en forma de estrella de cinco puntas.

Takemichi Hanagaki es un trabajador que ha tocado fondo en la vida. Entonces descubre que la única novia que tuvo jamás, en sus años de secundaria, la joven Hinata Tachibana, ha muerto a manos de la pandilla Tokyo Manji. El día que descubre la noticia de su muerte, está en la estación de tren cuando alguien lo empuja a las vías. Cierra los ojos pensando que está a punto de morir, pero cuando los abre, sin saber cómo, ha retrocedido 12 años en el tiempo. Ahora podrá revivir aquellos días que él consideraba los mejores de su vida y Takemichi intentará vengarse de su vida.

La historia tiene lugar en 1923, en un mundo alternativo donde los vampiros han existido dese hace mucho tiempo. Pero ahora, el número de estos ha aumentando y hubo de buscar una fuente de sangre. La solucíon fue la misteriosa sangre artificial llamada Ascra. A su vez, el gobierno japonés crea el «Código Cero», una unidad dentro del ejército encargada de acabar con las fuerzas vampíricas. ¿Y qué mejor manera de rastrear vampiros usando a otros vampiros? Esta unidad, creada por el teniente general Nakajima, ha estado históricamente vinculada al negocio de la guerra de información, pero ha sido reasignada para resolver la crisis de los vampiros. Depende de Código Zero y el vampiro Deffrot investigar este caso.

Takemichi Hanagaki es un trabajador que ha tocado fondo en la vida. Entonces descubre que la única novia que tuvo jamás, en sus años de secundaria, la joven Hinata Tachibana, ha muerto a manos de la pandilla Tokyo Manji. El día que descubre la noticia de su muerte, está en la estación de tren cuando alguien lo empuja a las vías. Cierra los ojos pensando que está a punto de morir, pero cuando los abre, sin saber cómo, ha retrocedido 12 años en el tiempo. Ahora podrá revivir aquellos días que él consideraba los mejores de su vida y Takemichi intentará vengarse de su vida.

Rachel es una chica de 13 años que se despierta en el sótano de un edificio abandonada. No recuerda nada sobre quién es, ni sabe qué está haciendo allí, con lo que comienza a vagar por el edificio dando tumbos mientras intenta comprender qué sucede. Es entonces cuando se encuentra con un hombre cubierto de vendas que dice llamarse Zack y que porta una guadaña. Entre ambos se formará un extraño vínculo que se fortalecerá mediante una serie de igualmente extrañas promesas. Ninguno de los dos sabe qué destino les aguarda en dicho edificio abandonado, pero trabajarán juntos para encontrar una salida…