Siglos después de los acontecimientos de la Saga Brave, una tercera raza llamada Malva ha surgido junto a los Humanos y los Mazoku. Identificados por su sangre púrpura y su inmensa inteligencia, los malva son rechazados por las otras dos razas y son vistos como una amenaza para la paz del mundo. Habiendo experimentado este prejuicio de primera mano, una adolescente malva llamada Galette Revolt viaja para encontrar una forma de que todas las razas se entiendan jugando Battle Spirits. Sin embargo, otras facciones de cada raza pretenden mantener la paz/reformar el mundo por vías más nefastas...

Los "Juggernaut" son drones de combate no tripulados desarrollados por la República de San Magnolia en respuesta a los ataques de los drones autónomos del vecino Imperio de Giad, la "Legión". Pero en realidad lo de que no son tripulados es una farse, pues lo cierto es que los pilotan los 86, aquellos que se consideran menos que humanos y a los que tratan como meras herramientas. Decidido a combatir hasta su fin, Shin, capitán de un escuadrón compuesto por los 86, lucha sin descanso en un campo de batalla en el cual lo único que le aguarda es la muerte.

En Konoha han entrado en una era de paz y modernidad. Los altos edificios despuntan en las calles, las pantallas gigantes muestran imágenes de todo tipo y los medios de transporte conectan los vairos distritos. Pese a que sigue siendo una aldea ninja, el número de civiles ha aumentado y la vida de los ninja ha cambiado. Boruto Uzumaki es hijo del Séptimo Hokage, Naruto Uzumaki, y se ha unido a la Academia Ninja para aprender. Otros estudiantes lo menosprecian de inmediato y consideran que solo está ahí por ser "hijo del Hokage", pero pronto Boruto disipará todas esas dudas sobre él.