Dos sacerdotes jesuitas, Sebastião Rodrigues y Francisco Garupe, viajan al Japón del siglo XVII que, bajo el shogunato Tokugawa, prohibió el catolicismo y casi todos los contactos extranjeros. Allí son testigos de la persecución de los cristianos japoneses a manos de su propio gobierno, que desea purgar Japón de toda influencia occidental. Eventualmente los sacerdotes se separan y Rodrigues viaja por el campo, preguntándose por qué Dios permanece en silencio mientras sus hijos sufren.

En el periodo Edo del tumultuoso siglo XIX japonés, un samurai llamado Ikematsu Sosuke siente desasosiego ante la guerra y los conflictos que amenazan con romper la paz y la tranquilidad de todos.