La trama se desarrolla en torno a la historia del linaje Joestar, una poderosa familia de origen británico destinada a combatir fuerzas sobrenaturales malvadas usando poderes adquiridos; la obra abarca varias generaciones de dicho linaje, las cuales son adaptadas en cada parte poniendo un descendiente como protagonista, empezando con Jonathan en el año 1880. El nombre «JoJo», presente en el título de la obra, consiste en un juego de palabras compuesto por el nombre de los protagonistas de cada parte, los cuales pueden abreviarse como «Jojo» y usarse a forma de apodo; sin embargo, en las últimas partes de la obra se hacen juegos de palabras más complejos: por ejemplo, Josuke es un juego de palabras en japonés en que la sílaba «suke» (助) se puede leer también como «jo», y el diminutivo de Giorno Giovana (Gio. Gio.) tiene una pronunciación bastante similar a «Jojo». Todos los Joestar se identifican porque tienen una marca de nacimiento en forma de estrella de cinco puntas.

Okabe Rintarou es un joven que se define a sí mismo como científico loco. Juntos con sus amigos Mayuri y Daru, forma parte el “Laboratorio de Dispositivos del Futuro” una especie de laboratorio clandestino en un pequeño apartamento. Okabe y Mayuri acuden a una conferencia sobre viajes temporales cuando se topan con lo que parece ser un asesinato. Okabe huye espantado mientras avisa a Daru del crimen cuando, de repente, Okabe cambia el pasado evitando el asesinato. ¿Cómo lo ha hecho? ¿Qué consecuencias tendrá este cambio?

La historia sigue a Ryou, una chica de secundaria que vive sola. Ella tiene un gusto por cocinar y hacer amistades a través de la comida. La adaptación del manga de cocina está “lleno de arte culinaria detallada para despertar el apetito y escenas de meriendas levemente eróticas”. “Koufuku” es el título de un juego de palabras entre dos homónimos japoneses (uno significa “felicidad” y el otro “apetito”).

En la historia, Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que se pierde en un mundo alternativo, donde una preciosa chica de pelo plateado lo rescata. Para devolverle el favor decide quedarse con ella, pero el destino con el que carga la muchacha es mucho más pesado de lo que Subaru puede imaginar. Los enemigos atacan sin descanso, uno tras otro, hasta que finalmente mueren tanto él como la chica. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de dar marcha atrás en el tiempo y volver al inicio de la historia, al punto en el que llegó al mundo desconocido. El problema es que él es el único que recuerda lo ocurrido.

La historia trata de Shichika Yasuri, séptima cabeza generacional de la escuela de artes marciales Kyotô-ryû en el Japón medieval. Tanto él como su pequeña hermana Nanami viven en una isla solitaria hasta que un consejero militar de nombre Togame les habla sobre las 12 espadas legendarias que han sido forjadas. Como resultado, Sichika se embarca en una aventura en busca de dichas espadas.

Monogatari se centra en Koyomi Araragi, un estudiante de tercer año de instituto que es ahora casi humano después de haber sido vampiro por un tiempo. Un día, una compañera de clase llamada Hitagi Senjōgahara, quien nunca habla con nadie, cae desde una alta escalera en los brazos de Koyomi. Él descubre que Hitagi no pesa casi nada, una contradicción física. A pesar de ser amenazado por ella, Araragi le ofrece su ayuda, y la presenta a Meme Oshino, un hombre excéntrico de mediana edad viviendo en un edificio abandonado que le ayudó a dejar de ser un vampiro.

Hay dos chicas que están en formación para convertirse en sacerdotisas en el santuario Tema: Matoi Sumeragi y Yuma Kusanagi. Matoi Sumeragi vivía con sus abuelos por parte de su padre porque su madre la abandonó desde que era joven, hasta el segundo año de la escuela secundaria, cuando finalmente fue capaz de vivir con su padre desde hace tres meses. Matoi anhela vivir una vida sencilla. Yuma Kusanagi es la hija de una familia que vive en el santuario y se espera que se convierta en la próxima sacerdotisa. Ella sabe que su ancestro utiliza Taimakou, una técnica para exorcizar los malos espíritus e invita Matoi para desafiar el ritual llamado Kamikagari uso de la habilidad de Taimakou.

La historia va de una joven vendedora de Armas llamada Koko Hekmatyar y de su equipo compuesto principalmente por ex-militares y mercenarios. La historia comienza cuando un nuevo recluta se une al equipo de Koko, un niño bastante extraño llamado Jonah que a pesar de su gran habilidad en combate odia a las armas, ya que a causa de ellas perdió a sus padres.