La protagonista, una niña de 14 años llamada Ai Ohto, escucha una voz misteriosa mientras camina por la ciudad a altas horas de la noche. Esta voz le da un huevo y le hace señas: "Si deseas cambiar el futuro, solo necesitas elegir ahora. Cree en ti misma y rompe el huevo".

Personas aleatorias de todo el mundo son secuestradas y reciben una "habilidad especial", y luego son forzadas a participar en algún tipo de "experimento" retorcido. Lo que se encuentra al final de este experimento no está claro, como lo que sucederá con aquellos que "fallen".

Después de ser reconocida a lo largo de todo su camino escolar, Yukino Miyazawa ha llegado a la escuela preparatoria para seguir con su trayectoria de perfección de una estudiante brillante, hermosa y humilde. Aunque en realidad es egoísta, vaga y caprichosa reconociendo que su comportamiento en la escuela es una gran farsa. Empezado el año Yukino se encontrará con un rival: Sōichirō Arima, un apuesto joven de una familia rica con exelentes calificaciones. Yukino dedicará todo su esfuerzo a superarlo, pero cuando éste confiesa que está enamorado de ella lo rechaza sin miramientos y se jacta de ello en casa. Sin embargo, Sōichirō descubre descubre su verdadera personalidad y utiliza esa información para chantajearla para que haga su trabajo dentro del consejo estudiantil.

Viviendo una existencia anormal en Ogikubo, un crisol intergaláctico de humanos y extraterrestres, así como la única Zona de Inmigración Espacial en la Tierra, Luluco es una alegre chica de secundaria que solo quiere ser normal. Una mañana, sin embargo, su padre, que trabaja en la Patrulla Espacial, se come una cápsula volátil del sueño por error y se congela. Para empeorar las cosas, Luluco lo rompe accidentalmente, por lo que se apresura a ir a su oficina en busca de ayuda. Allí, el jefe de la Patrulla Espacial, Over Justice, contrata a Luluco como trabajadora temporal espacial para investigaciones encubiertas, para que la institución pueda tomar medidas enérgicas contra el crimen dentro de su escuela.

La historia se centra en Nagomu, un hombre que dejó su casa en Kioto y la confitería de su familia cuando se convirtió en músico. Sin embargo, al enterarse de que su padre ha sido hospitalizado, regresa a casa para hacerse cargo del negocio familiar. Sin embargo, mientras él no estaba, una joven llamada Itsuka comenzó a trabajar en la tienda. Se desconoce el paradero de los padres de la muchacha, además, ella no tiene otros parientes, y Nagomu se encuentra a sí mismo como padre adoptivo de la joven. Itsuka, por otro lado, no le agrada Nagomu por abandonar a su familia para convertirse en músico. Ella proclama que se hará cargo de la tienda algún día en lugar de Nagomu.

Yuta Hibiki se despierta con amnesia y la habilidad de ver cosas que otros no pueden ver. Primero se encuentra con un Gridman en el reflejo de la computadora de su amigo Rikka Takarada y le dice que "recuerde su llamado", pero Yuta no entiende lo que esto significa. Más tarde, en la distancia, ve un monstruo extremadamente grande pero no se mueve. Es solo cuando Yuta llega a la escuela que los dos avistamientos tienen sentido: un monstruo ataca y el héroe que vio en la pantalla de la computadora lo arrastra dentro de la computadora y transforma a Yuta en un héroe gigante llamado Gridman.

FLCL sigue a Naota Nandaba, un niño de doce años que vive en el suburbio japonés ficticio de Mabase, y sus interacciones con Haruko Haruhara, que llega al tranquilo suburbio, atraída por las casas industriales de la ciudad y el edificio de Medical Mechanica. Tsurumaki ha dicho que intentó "romper las reglas" del anime al hacer FLCL, por ejemplo, eligiendo una banda japonesa contemporánea para la banda sonora, y modelando el estilo más bien a partir de "un anuncio de televisión japonés o un vídeo promocional", creando una obra "corta, pero llena de densidad".

Natsume es un chico que ha tenido una vida difícil desde pequeño, puesto que puede ver espíritus llamados Youkai, un buen día algunos de esos espíritus empiezan a atacarle pidiéndole "El Libro de los Amigos" éste libro, es un diario que le dejó su abuela Reiko que también podía ver los espíritus perfectamente. Ésta fue quien encerró el nombre de muchos de los Youkai, impidiendo así que pudiesen ser libres. Natsume, junto con su amigo y guardaespaldas, decidirá ayudar a los Youkai y liberarlos devolviéndoles su nombre.

La historia se desarrolla en un instituto (Academia Honnoji) donde los estudiantes tienen uniformes (uniformes última) que aumentan sus habilidades y dependiendo de la cantidad de fibras vitales se catalogan mediante estrellas (10% 1 estrella, 20% 2 estrellas, 30% 3 estrellas). La presidenta del consejo estudiantil, Satsuki Kiryūin, impone las reglas por la fuerza con ayuda de los cuatro Devas. Sin embargo, una estudiante de intercambio llamada Ryuko Matoi se la encuentra en su camino, empuñando una espada de tijera y un uniforme escolar fabricado 100% de fibras vitales al que bautiza como Senketsu (sangre fresca). Ryuko reta continuamente a Satsuki para saber la verdad de quien es el asesino de su padre, siendo que tras varios intentos fallidos Satsuki le promete que si derrota a todos los presidentes de los clubs, tendrá un enfrentamiento contra ella y le dará una respuesta.

La historia sigue las peculiares aventuras de dos singulares personajillos: Hakumei y Mikochi. Estos seres, de unos nueve centímetros de altura aproximadamente, viven en el bosque. Han hecho de la naturaleza su casa, y es por eso que viven en el interior de un árbol al que llaman hogar.

La serie narra las aventuras del joven entrenador Pokemon de diez años Ash Ketchum, que decide comenzar su aventura para llegar a convertirse un día en un gran Maestro de Pokemon. Para ello deberá recorrer distintas regiones, capturar cuantos más pokemon pueda, y conseguir las medallas de gimnasio necesarias y así participar en la Liga Pokemon, ganarla y así estar un paso más cerca de convertirse en Maestro Pokemon. Para ello cuenta con la ayuda de Pikachu, su primer pokemon, que obtuvo de manos del Profesor Oak. En su recorrido conocerá y hará nuevos amigos, como Brock o Misty, que le acompañarán y ayudarán para conseguir alcanzar su sueño.

Cuando una chica llamada Juna Ariyoshi tiene un accidente grave, su espíritu se convierte en luz y sale de su cuerpo hacia el cielo nocturno donde, durante unos instantes, ve la Tierra unos meses en el futuro. Lo que ella ve es la Tierra al borde de la destrucción total por las fuerzas de un mundo cruel gobernado por demonios llamados Rajas. Entonces la persona llamada Chris le da a Juna una "piedra de poder" y le dice que la use para salvar la Tierra. El poder de la piedra le da la habilidad de convocar un "traje aura", que mejora los propios poderes especiales de una persona que de otra manera permanecerían dormidos.

Trece años después de su repentina desaparición, unos misteriosos series conocidos como "Heterodyne" reaparecen. Para combatir a estos peligrosos seres, tres trabajadores de una oficina de seguridad pilotan Dai-Guard - un robot gigante que estaba siendo considerado casi como un pisapapeles de gran tamaño. Por desgracia, Dai-Guard es un tanto obsoleto y está en mal estado. Es un trabajo duro, pero los asalariados también puede salvar el mundo.