En las montañas de Ararat, Turquía, donde según la Biblia cayó el arca de Noé, un grupo de investigadores deja de dar señales de vida. Se trata de una patrulla de Arcam, una organización ocupada de buscar los enigmas de antiguas civilizaciones extinguidas, y cuyos miembros se hacen llamar ´Spriggan´. Paralelamente, una poderosa fuerza magnética surge de la montaña provocando la desaprición de tres satélites militares estadounidenses. En Japón, seis meses más tarde, el Spriggan Yu Ominae recibe un anónimo mensaje - bomba con el texto: "Noé será tu tumba". Rápidamente se dirige a la Delegación Japonesa de Arcam, donde junto a un nuevo mensaje "Tu hora se aproxima" encuentra una foto de los cuerpos de los investigadores de Ararat con muestras de haber sido víctimas de un ataque.

En el siglo 17 Japón se divide entre dos fuerzas. El ejército principal del este por el señor de la guerra Tokugawa Ieyasu y el ejército occidental que lucha por el clan de Toyotomi. A pesar de ganar una batalla reciente, las cosas se ven sombrías para el ejército oriental. El ejército de Toyotomi tiene un suministro de armas de fuego modernas, un arma que podría cambiar el rumbo de la guerra. Tokugawa Ieyasu envia a su samurai de confianza samurai, Mayeda, y su hijo Yourimune a España para adquirir 5.000 fusiles. Pero es un viaje peligroso y hay muchos que conspiran en su contra. Y cuando por fin llegan a España, nada sale como esperaban.