Siguiendo la pista que se inicia en una colonia espacial desierta, Harlock inicia la persecución de un oscuro personaje llamado Alberich. Este ha ido al planeta Rhin para robar el oro que yace en un lago, y que puede controlar el destino del mismo universo. Este oscuro personaje persuadirá con engaños al joven Tadashi Daiba para que forje con ese oro un anillo. Con él pretende plantar cara a los mismísimos dioses. Descubriremos así mismo como en el planeta Valhalla los dioses despiertan de su sueño eterno y se encuentran sorprendidos al ver que alguien se atreve a disputarles su liderazgo. En medio de esta batalla los humanos son menos que nada, pero para Harlock y su tripulación no existe la palabra "imposible".

Después de ser reconocida a lo largo de todo su camino escolar, Yukino Miyazawa ha llegado a la escuela preparatoria para seguir con su trayectoria de perfección de una estudiante brillante, hermosa y humilde. Aunque en realidad es egoísta, vaga y caprichosa reconociendo que su comportamiento en la escuela es una gran farsa. Empezado el año Yukino se encontrará con un rival: Sōichirō Arima, un apuesto joven de una familia rica con exelentes calificaciones. Yukino dedicará todo su esfuerzo a superarlo, pero cuando éste confiesa que está enamorado de ella lo rechaza sin miramientos y se jacta de ello en casa. Sin embargo, Sōichirō descubre descubre su verdadera personalidad y utiliza esa información para chantajearla para que haga su trabajo dentro del consejo estudiantil.

El doctor Kenzo Tenma es un prometedor neurocirujano japonés que ejerce en el Eisler Memorial Hospital de Dusseldorf. Lo tiene todo en la vida; un trabajo que le apasiona y en el que demuestra una habilidad increíble, y una novia rica y guapa. Sin embargo, un día decide ignorar una orden de su superior y salva a un niño desconocido en lugar de la vida del alcalde de la ciudad. Como consecuencia de esto pierde su privilegiado trabajo y a su novia. Poco después, los médicos que lo destituyeron aparecen muertos y él se convierte en principal sospechoso. Tenna está dispuesto a llegar hasta el fondo de éstas y otras muertes e investigar la verdad sobre el monstruo que hay detrás de todo el asunto.

Chirico Cuvie es un antiguo piloto de las fuerzas especiales Armored Trooper y antiguo miembro del "Batallón Red Shoulder", una fuerza de robots de élite usada por la Confederación de Gilgamesh en su guerra contra la Unión Balarant. Ambas son naciones interestelares de la distante Galaxia de Astragius. Gilgamesh y Balarant estaban recientemente envueltos en una guerra galáctica de cien años cuya causa se olvidó hace tiempo. Ahora, la guerra está acabando y una frágil tregua se ha establecido. Chirico Cuvie es transferido de repente a una unidad comprometida en una misión sospechosa, y no sabe que él está ayudando a robar secretos de lo que parece ser su propio bando. Chirico es traicionado y dejado por muerto, pero sobrevive y es arrestado por el ejército de Gilgamesh bajo la acusación de traición. En esas circunstancias es torturado para revelar información. Chirico logra escapar y se desata contra él una persecución que se extiende a lo largo de toda la serie, con el ejército intentanto cazarlo y con otros personajes que buscan la verdad detrás de dicha operación. Chirico procura descubrir la verdad acerca de uno de los objetivos que le asignaron recuperar en esa operación: una mujer misteriosa y bonita, que se volvería su única pista para desenmascarar la conspiración.

Naoto, un comisionado de policía de Ciudad Central, estando de servicio es asesinado por un agente del sindicato del mal "Bioron". Tiempo después, el Dr. Kenzou Igarashi, cuyos experimentos fueron responsables de la existencia de Bioron, resucitó a Naoto como un detective robot, Jiban.. Desde entonces Jiban lucha diariamente por la justicia, y específicamente por la destrucción de Bioron.

La serie cuenta la historia de Hiromi Oka (Marta en la versión española), una chica de secundaria quien lucha para convertirse en una buena tenista. Hiromi empieza a jugar tennis en su secundaria, porque ella está fascinada con una chica mayor, llamada Reika Ryuzaki, quien es la mejor jugadora en el equipo y es conocida como "Ochofujin", que significa "Madame Butterfly", dada su gracia en la cancha de tennis. El equipo tiene un nuevo coach, Jin Munakata, quien ve potencial en ella y la entrena para convertirla en una excelente jugadora de tennis. La fuerza sentimental de Hiromi para superar su debilidad mental es parte esencial de la historia y es descrita a detalle

Cuando los alienígenas conquistan la Tierra y esclavizan a la raza humana, toda la esperanza por la libertad se pierde. Pero un hombre se niega a rendirse. El Capitán Harlock, un valiente piloto espacial, dirige a la resistencia en su lucha para expulsar a los invasores y devolver la paz a su planeta.

El teniente Kei Katsuragi es piloto de combate. Su misión es proteger una nueva bomba mientras se está activando. El artilugio es una Bomba de Oscilación Espacio-Tiempo. Los planes salen mal, Kei intenta parar la bomba, la desconfigura y se apaga, revolviendo completamente el tiempo, el espacio y las dimensiones. La serie continua con las aventuras de Kei en esta nueva dimensión, después de ser recogido por Chiram, un grupo de tecno-gitanos, y de sus intentos por restablecer el tiempo y las dimensiones. También trata la historia de amor con Cute Chiram, Mimsy, de la cual nace su hijo. Y la historia sólo acaba de empezar...