Geisha Assassin sigue la historia de Koton, una hermosa geisha que hereda una espada de su familia y la utiliza para perseguir a Hyoe, el hombre que mató a su padre.

Yuki es una joven que busca venganza después de presenciar el asesinato de su madre el día de su cumpleaños. Ayudada por su padre y, convertida en una Gothic Lolita, no descansará hasta que los culpables paguen su deuda. ¿Quién mató a su madre? ¿Cuál es la verdad y el propósito que su padre conoce? Su terrible destino está a punto de suceder y tendrá que lidiar con la muerte.

Narra la particular vendetta que Hyakkimaru mantiene con los 48 demonios que se repartieron buena parte de su cuerpo, tras el pacto satánico que firmó su propio padre. En su epopeya contará con la ayuda de Dororo, una ladronzuela que también guarda una cuenta pendiente...