Existe un juego famoso entre los niños de Japón, parecido al escondite pero muy peligroso, ya que guarda un terrible secreto. Según un rumor, hay un misterioso juego del Escondite en el que sus participantes nunca salen con vida. Ahora, un par de chicos quieren comprobar si es verdad o no.

Después de caer por un momento de deslizamiento, Yusei Fudo (que acaba de tener a su potente tarjeta robada por un misterioso extraño) se reúne con Judai Yuki y Yugi Muto, que están de acuerdo para ayudar a derrotar a Yusei la paradoja del mal, que tiene la intención de destruir a Pegasus antes de que puede inventar Duel Monsters.