Año 2199, la Tierra fue bombardeada por el planeta Gamilus y contaminada por la radiactividad de sus ataques con asteroides, la faz de la tierra se ha borrado, los océanos se han evaporado y la radiación ha llegado hasta gran parte del subsuelo. 2 cadetes: Kodai Susumu y Shima Daisuke descubren una bella mujer que yace muerta y que tiene en su poder una cápsula con un mensaje de la hermana de aquella chica, quien se identifica como Starsha, reina del planeta Iscandar. Ella ofrece su ayuda a los terrestres enviándoles un plano para la construcción de un motor que les permitirá viajar más rápido que la luz y así poder alcanzar, en menos de 1 año, el sistema Sunzar donde está el planeta Iscandar.

En el año Universal Century 0096, tres años después del intento fallido de Char Aznable de forzar la migración humana al espacio, la vida continúa en las colonias que orbitan la Tierra. Una de esas colonias, en el lado 4, es el hogar de Banagher Links, un joven de 16 años que vive una vida tranquila entre sus compañeros de clase. Audrey Burne, la última descendiente de una gran familia tiránica, se encarga de robar la llave de un misterioso dispositivo conocido como "Laplace's Box". Se dice que la Caja tiene el poder de dar forma al curso del universo, y Audrey viaja al Lado 4 en un intento de quitarlo de su soporte actual y mantenerlo alejado de las Mangas, el remanente sobreviviente del Neo-Zeon de Char Aznable. En su búsqueda, se encuentra con Banagher y cambia su vida para siempre.