Algo a destruido Birth Island, hogar de Godzilla y su hijo y pronto se descubre que la energía nuclear de Godzilla está fuera de control. Temiendo que Godzilla explote, la Fuerza G intenta congelarlo. Pero un nuevo problema surge al aparecer una horda de criaturas del tamaño de los humanos, creados por una combinación de las células de Godzilla y del arma que destruyo al Godzilla original.

Unos cazatesoros descubren una enorme bola blanca que resulta ser un huevo de Mothra, el dios guardián del Cosmos. Los investigadores deciden llevar el huevo a Japón, pero Godzilla, que ha despertado de su letargo debido al impacto de un meteorito gigante que cayó en la fosa del Pacífico donde dormía, sale a su encuentro... ¿Podrán los humanos sobrevivir a esta terrorífica lucha entre monstruos?...

Después de matar a su hermano, el príncipe Yamato es expulsado del reino de su padre hasta que pueda controlar sus peligrosos poderes. En su viaje, se encuentra y se une a la sacerdotisa mágica Oto, y juntos van a luchar contra un dios maligno que ha estado asolando la Tierra en forma de una enorme hidra. ¿Volverá Yamato a casa para reclamar el lugar que le corresponde en el trono?