El film narra la historia de una prisión espacial de alta seguridad(llamada “Dante 01“) que orbita un planeta llamado Dante, y adonde sólo envían a los psicópatas más peligrosos, pero no para encerrarles de por vida entre rejas, sino para utilizarles como cobayas humanas en extraños y terribles experimentos. Hasta que un día, César (Dominique Pinon), uno de los reclusos allí, decide liderar una rebelión que acabe con todo lo llevado a cabo en ese lugar, hasta que llega Saint Georges (Lambert Wilson), un misterioso prisionero poseído por una fuerza secreta que, cuando aprenda a controlar, empleará para acabar con la hostilidad de sus compañeros presos y liberarlos de la maligna atracción de Dante.

Clive (Adrien Brody) y Elsa (Sarah Polley) son dos brillantes científicos que, por medio de la ingeniería genética, se dedican a crear variaciones de especies conocidas. Aunque han alcanzado el éxito, su ambición les hará perder el control, cuando, en secreto, decidan llevar sus experimentos más allá de la moral. Combinando ADN humano en sus experimentos genéticos obtendrán un nuevo escalón en el árbol evolutivo actual.

Diane Siprien (Monica Bellucci) es una científica francesa que adopta a un niño en una región próxima a Mongolia. Pasado cierto tiempo, empiezan a ocurrir hechos extraños, como la aparición de una marca en el pecho del pequeño. Aunque el médico no le da importancia, Diane empieza a sospechar que quienes la rodean llevan mucho tiempo esperando algo relacionado con su hijo. Así las cosas, decide ir a Mongolia para averiguar el origen del niño.