Los años de guerra llegan a su fin en un Japón unificado bajo el Shogunato Tokugawa. El espía Sasuke Sarutobi, cansado del conflicto, desea la paz pero otro importante espía llamado Tatewaki Koriyama planea abandonar al shogun por un clan rival, convulsionando el oscuro mundo de los espías.

El Dr. Shiragami combina el DNA de rosas con DNA extraido de células de Godzilla. El nombre de su creación: "Biollante".

En 1927 se empieza la construcción del metro de Tokio. Las obras conmueven los dominios de los diablos que esperan su gran oportunidad. Kato, un personaje que posee poderes psíquicos, les ayuda para causar problemas y destruir Tokio. Un poderoso enemigo se enfrentará a él; Keito Metaka, casado con Yoichiro, la hermana de Yukari. También Terada, científico que ha construído el primer robot, les prestará el apoyo. Kato secuestrará a Yoichiro delante de todos. El momento de la batalla ha llegado.

Moronao desea obsesivamente a Kanze, sin importarle el hecho de que esté casada con Rokuro. Para conseguir su objetivo, Moronao despliega una espiral de violencia contra el entorno de Kanze, para así tenerla solamente para él.

Tamiko es una madre divorciada de su segundo marido, después de haber enviudado del primero durante la II Guerra Mundial. Su hijo Toshio se está quedando ciego; le han diagnosticado un tumor cerebral. Ella no tiene dinero para la cirugía y se lo pide a Yoshie, su madre. Yoshie se niega pero acuerda un matrimonio con otro pariente soltero, Tajima, a condición de que él se haga cargo del pago de la operación.