Unas personas de un futuro distante llegan al Japón contemporáneo en una máquina del tiempo para advertir de la destrucción que Godzilla está a punto de desatar. Para prevenir la hecatombe, toman a un psíquico, un escritor y un científico y viajan al momento anterior en que se lanzó la bomba H, en 1944, y ven el Godzillasaurio (lo que era Godzilla antes de la mutación). Luego también aparecen King Ghidorah y Mecha King Ghidora, otros monstruos colosales, que agregan una pizca de pimienta al festín de monstruos en cuestión.

Tras una serie de terremotos, el reino submarino de Seatopia envía a Megalon, un escarabajo gigante, y al robot Gigan para destruir el mundo de la superficie. En un intento por detenerlos, el inventor Goro recupera a Jet Jaguar, un robot con pensamiento independiente que había sido robado, y lo manda para que traiga a Godzilla y que éste participe en la lucha.

El Dr. Shiragami combina el DNA de rosas con DNA extraido de células de Godzilla. El nombre de su creación: "Biollante".

Tras la destrucción de un submarino empiezan a cobrar importancia las teorías del profesor mafune, un cientifico que hace 15 años dijo que todavia existía un dinosaurio vivo en el área donde se destruyo el laberinto, asi pues se intentara localizar a mafune el cual lleva años desaparecido ya que esta planeando vengarse de la tierra aliándose con unos alienigenas que pretenden conquistar el planeta.

Es el año 2116 y el gobierno japonés ha comenzado a exportar los droides no tripulados y el concepto de Sistema Sibyl a los países que lo requieran y así es como se ha extendido mundialmente el sistema. La unión de países del sudeste de Asia (SEAUn) ha introducido recientemente el Sistema Sibyl y se encuentra en fase experimental y es gracias a ello que la ciudad artificial construida sobre el agua Shambala Float disfruta de días de paz y tranquilidad. Sin embargo, desde SEAUn llegan terroristas a Japón que consiguen birlar el Sistema Sibyl y lanzar una ofensiva al gobierno central. Es entonces cuando la sombra de cierto hombre aparecerá y Akane viajará hasta Shambala Float para descubrir la verdad detrás de la justicia que mueven estos hechos.

Recreación desde el punto de vista japonés de la batalla de Okinawa, una de las más sangrientas de la campaña del Pacífico.

Una historia fantástica inspirada en las ruinas de Sanxingdui, de 3.000 años de antigüedad, en la ciudad de Guanghan, en Sichuan.

El profesor Nishiyama, después de estudiar e interpretar las profecías de Nostradamus, se da cuenta de que el fin del mundo está cerca. Desgraciadamente nadie le escucha hasta que ya es demasiado tarde. A medida que los efectos de la manipulación de la Tierra por parte de la humanidad (nubes de smog radiactivo, animales horriblemente mutados, destrucción de la capa de ozono) se salen de control, los líderes mundiales se lanzan ciegamente hacia la confrontación final. La película generó controversia en Japón y posteriormente fue retirada de circulación, sin que se publicara oficialmente el video de la película sin cortes.