El Dr. Shiragami combina el DNA de rosas con DNA extraido de células de Godzilla. El nombre de su creación: "Biollante".

Algo a destruido Birth Island, hogar de Godzilla y su hijo y pronto se descubre que la energía nuclear de Godzilla está fuera de control. Temiendo que Godzilla explote, la Fuerza G intenta congelarlo. Pero un nuevo problema surge al aparecer una horda de criaturas del tamaño de los humanos, creados por una combinación de las células de Godzilla y del arma que destruyo al Godzilla original.

Ryo Saeba es un peculiar detective privado más conocido por su debilidad hacia las mujeres atractivas que por su capacidad para resolver crímenes. Ryo es contratado por un magnate de la prensa para encontrar a su hija desaparecida, Shizuko. La investigación le conduce hasta un crucero de lujo que casualmente resulta ser también el objetivo de una banda de terroristas internacionales. Atrapado a bordo, Ryo deberá resolver la situación con la inestimable colaboración de su celosa ayudante Kaori, la bella agente secreta Saeko y un misterioso jugador llamado Kotetsu.