Luego de que una bola rápida matará a su padre, Yakyû promete no jugar nunca más al béisbol. Sin embargo, la cruel directora de su reformatorio lo obliga a unirse al equipo ya que, si no lo hace, deberá presenciar la muerte de su compañero de celda.

Hideo es un dibujante con una vida miserable. Un día, su novia lo echa de casa y, al cabo de unas horas, se abalanza sobre él convertida en un agresivo zombie. Será la primera señal de que el mundo a su alrededor se desmorona.

Dos sacerdotes jesuitas, Sebastião Rodrigues y Francisco Garupe, viajan al Japón del siglo XVII que, bajo el shogunato Tokugawa, prohibió el catolicismo y casi todos los contactos extranjeros. Allí son testigos de la persecución de los cristianos japoneses a manos de su propio gobierno, que desea purgar Japón de toda influencia occidental. Eventualmente los sacerdotes se separan y Rodrigues viaja por el campo, preguntándose por qué Dios permanece en silencio mientras sus hijos sufren.