Unos cazatesoros descubren una enorme bola blanca que resulta ser un huevo de Mothra, el dios guardián del Cosmos. Los investigadores deciden llevar el huevo a Japón, pero Godzilla, que ha despertado de su letargo debido al impacto de un meteorito gigante que cayó en la fosa del Pacífico donde dormía, sale a su encuentro... ¿Podrán los humanos sobrevivir a esta terrorífica lucha entre monstruos?...

El organismo de lucha contra Godzilla encarga la construcción de Mogera, un monstruo gigante que tiene como objetivo contrarrestar los ataques de Godzilla. Sin embargo la llegada a la Tierra de un poderoso Godzilla Espacial se convierte en una amenaza superior al Godzilla original. Cuando el Godzilla espacial secuestra al Hijo de Godzilla, Mogera y Godzilla original se alían para vencer al villano.

Las Naciones Unidas reúnen la última arma para derrotar a Godzilla, mientras que los científicos descubren un huevo de pteranodon fresco en una remota isla japonesa.